Game Story
Az első játék Paxton Fettel-lel kezdődik, amint egy Replica zászlóalj parancsonokaként megrohamozza az Armacham Technology Corporation (ATC) főhadiszállását. Közben egy felügyeleti filmfelvétel Paxton kannibalizmusát mutatja be nekünk.
Te, mint játékos és katona, az első Encounter Assault Recon csapatnak dolgozol, te vagy az új Point Man, feladataidat egy titkos kormányzati szervezet adja, ami arra specializálódott, hogy természetfeletti fenyegetésekkel foglalkozzon. A csapatkoordinátor, Rowdy Betters, bemutat téged Spen Jankowski és Jin Sun-Kwon csapattársaknak. A csapatnak megparancsolják, hogy iktassák ki Fettelt. Üzembiztos rendelkezésként, az ATC egy különleges eszközzel megjelölt minden biomotorizált katonát, úgyhogy a csapat képes, hogy a Hannibal-3 kémműholddal kövesse Fettel mozgásait.
Paxton Fettel keresése egy elhagyott épületnél kezdődik Auburnben. Miközben a csapat többi tagja átkutatja a házat, minket Paxton lesből támadva leüt, és folyton egy rejtélyes mondatot mondd: „ők mind megérdemlik, hogy meghaljanak.”
Fettel jele elveszett. Közben neked és az SFOD-D osztagnak megparancsolják, hogy vizsgáljátok meg egy a Sullivan Shippingnél lévő Replica katonákból álló csoportot, az épületüket pedig foglaljátok el. Az SFOD –D csapatot lemészárolják, és téged is majdnem megöl egy robbanás, melyet egy kicsi piros ruhás lány idéz elő, ő Alma.
Fettel keresése folytatódik a szomszédos South River Wastewater Treatment Plant területén és az ATC főhadiszállásán. Amíg Fettel kitér a csapatok elől, egyre több hallucináció gyötör, melyekben felfedezed a Fettel és Alma közti kapcsolatot és megtudod, hogy Fettel, Alma szörnyű szenvedéseinek eredménye. Szintén felfedezed, hogy Fettel a fiatalabb a két testvér közül, amit az Origin program hozott létre.
Fettel üldözése vezeti a csapatot ahhoz a földalatti Origin létesítménybe, amit bezárt az ATC, amikor Alma túl erőteljes lett ahhoz,hogy ott tovább tartózkodjon. A csapatnak most harcolnia kell a Replica katonákkal és az ATC őrökkel is, akiknek megparancsolták, hogy titkolják az ügyet.
Végül szembe kell nézned Fettellel, ami elindít egy olyan hallucinációt, ahol megtudod, hogy Te Alma fiai közül a második vagy, azaz Téged is az Origin projekt hozott létre. A hallucinációk után, a végzet már elkerülhetetlen, és Alma megöli a testvéredet, Fettelt.
Fettel már nem tudja kiszabadítani Almát, de az apa Harlen Wade még folytatja az akciót, hogy kiszabadítsa lányát, elvégre minden szenvedést és kínt ő okozott. A kiszabadítást követően Alma meggyilkolja apját, ami pedig olyan rémálmokat indít el, melyek már a hallucinációkon túl, a valódi világban következnek be.
Versenyt kell futnod az idővel. Meg kell semmisítened az energiaoszlopokat, amik egy olyan láncreakciót idéznek elő, ami kritikus zónaolvadást eredményez. Miközben menekülsz, végül minden kiderül: maga Harlen Wade nem csak egy projekt elindítója, hanem maga Alma apja is. Elmenekülsz a létesítmény elől időben, viszont egy hatalmas robbanás következik be. Amikor magadhoz térsz, az SFOD-D-dal egy helikopterben találod magad. Lent a városon egy óriási gombafelhő terpeszkedik, de mégis mindenki nyugtalan, ugyanis a robbanás egy szörnyű következménye, hogy Alma szabad…